在PHP中，对用户上传的文件进行安全检查是非常必要的，因为用户上传的文件可能包含恶意代码、病毒或其他危险内容。

一、PHP对用户上传文件进行安全检查的必要性：

1. 防止恶意代码执行：用户可能会上传恶意脚本或恶意代码文件，如PHP、JavaScript等，这些文件可能会在服务器上执行，从而对系统造成威胁。通过安全检查可以检测并阻止这些文件的上传。

2. 防止数据泄露：用户上传的文件可能包含敏感数据，如用户密码、个人信息等。通过安全检查可以确保这些文件不被意外泄露或滥用。

3. 确保文件类型合规：用户上传的文件类型可能不符合规定，如尝试上传图片但实际上上传了恶意脚本文件。通过安全检查可以确保只允许上传特定类型的文件，如图片、文档等。

二、PHP对用户上传文件进行安全检查的方法：

1. 检查文件类型：在接收文件之前，可以使用filetype()函数或使用getimagesize()函数来检查文件类型是否符合规定。

2. 检查文件大小：限制上传文件的大小，以防止大文件上传尝试绕过安全检查。

3. 检查文件扩展名：如果需要，可以使用pathinfo()函数来检查文件的扩展名是否符合规定的列表。

4. 验证文件内容：使用PHP的getimagesize()函数可以检查文件是否为有效的图像文件。对于其他类型的文件，可以使用适当的库或算法来验证文件内容。

5. 使用安全过滤器：对于用户上传的文件，可以使用安全的过滤器或库来检查文件内容是否存在恶意代码。例如，对于PHP文件，可以使用适当的库来检查是否存在PHP代码注入的风险。

PHP对用户上传文件进行安全检查的示例代码：

在上述示例中，我们首先检查了文件的扩展名是否在允许的列表中，并限制了文件大小不超过设定的上限。接下来，根据需要使用适当的库或函数对文件内容进行安全过滤。最后，将文件移动到指定的目录进行保存。通过这样的安全检查，可以有效降低用户上传文件的风险。

三、PHP对用户上传的文件做好完善的安全检查有以下好处：

1. 提高系统安全性：通过安全检查可以防止恶意代码执行、数据泄露等安全风险，确保系统的安全性。

2. 增强用户体验：通过验证用户上传的文件类型和大小，可以减少无效或不符合规定的文件上传尝试，提高用户体验。

3. 降低系统维护成本：通过完善的安全检查机制，可以减少安全漏洞和潜在的安全威胁，从而降低系统维护成本和风险。

4. 提高系统可靠性：通过减少无效或恶意文件的上传尝试，可以减少系统资源占用和性能负担，提高系统的可靠性。

请注意，安全检查并不是万无一失的，因为黑客可能会试图绕过这些机制。因此，除了安全检查之外，还应该采取其他措施来增强系统的安全性，如限制对服务器资源的访问、使用防火墙等。同时，定期更新和监控系统也是保持安全的重要措施。